Hlavatce se připomínají již od roku 1250. Ve 14. století zde bylo vladycké sídlo a roku 1354 jsou a archivních materiálech uváděni bratří Adam, Filip, Bernard, Bohuněk a Oldřich z Hlavatec jako patroni zdejšího kostela. Vladyka Ctibor z Hlavatec dostal příjmení „Roubík“ a jeho potomci užívali tohoto jména až do vymření rodu roku 1530.
Počátkem 16. století byla vesnice rozdělena na dvě části. První, s názvem Malé Hlavatce, patřila k Bechyni. Roku 1550 byla tato část obce přidělena ke statku Bzí panu Volfu Hozlauerovi z Hozlau. Druhá část obce, tzv. Velké Hlavatce, patřila k Želči. Obě části vsi se následně dostaly do majetku Petra Voka z Rožmberka, Velké Hlavatce pak koncem 16. století přešly správou pod Soběslav.
Kostel
V Hlavatcích se nachází kostel sv. Ondřeje. Kdy byl kostel původně postaven, není přesně známo. Je však jisté, že původní stavba byla gotická. Nejstarší částí chrámu je presbytář, který stavebně pochází pravděpodobně z počátku 14. století. Roku 1354 se totiž v Hlavatcích připomíná farnost, která však v době pobělohorské zanikla a vesnice byla přifařena k Plané nad Lužnicí. Až do roku 1787 zde byla zřízena samostatná duchovní správa-fara, ke které byly přifařeny obce Hlavatce, Svinky, Komárov, Vyhnanice, Bezděčín, Želeč a Radimov.
Hlavní chrámová loď byla přistavena (nebo snad přestavěna) v polovině 18. století. Loď je s presbytářem spojena velikým lomeným obloukem, který nese konstrukci věže. Na hlavním oltáři je Brázdův obraz sv. Ondřeje. Kromě hlavního oltáře jsou v kostele ještě dva postranní oltáře, a to Panny Marie a sv. Jana Nepomuckého.
V současné době má kostel 23,5 m vysokou věž, která je jehlancovitého tvaru, pobitá měděným plechem. Původní kostelní věž měla dvě báně. Podle záznamů udeřil blesk roku 1807 do věže blesk, ale nezpůsobil větší škod. Zato 21. března 1882 uhodil blesk do věže podruhé a věž zapálil. Shořela hořejší báň. Věž pak již do původní podoby obnovena nebyla a byla postavena nová, podoby současné.
Fara
Je již připomínána v obci Hlavatce v roce 1354. V době pobělohorské zanikla a ves byla přifařena k Plané nad Lužnicí. V roce 1787 zde byla zřizena samostatná duchovní správa - fara. K ní byly přifařeny tyto obce a osady: Hlavatce, Svinky, Komárov, Vyhnanice, Bezděčín, Želeč a Radimov. Budova fary je kamenná, byla částečně opravena, dostala novou střechu, v přední části nová okna a polovina budovy byla nově natřena. V dnešní době je již zdivo opět zchátralé a na další opravy nejsou peníze. Na faře bydlela jedna stará občanka v nájmu, jinak je celá prostora prázdná. Budova je zajímavá, a pokud by byla celkově opravena, byla by pro obec přínosem.
Památník padlých
Na památku padlých v 1. světové válce byl slavnostně odhalen v roce 1922 a později byl opatřen deskou s padlými ve 2. světové válce.
Škola
Za času panování císaře Františka Josefa I řízením patronátu knížete z Lobkoviců založena a vystavena jest hlavatecká školní budova r. 1799 na bývalém farním pozemku o jednom patře, sedm sáhů a dvě stopy dlouhá, čtyři sáhy a pět stop široká.
Tímto úvodem začíná školní kronika, která je vedená od školního roku 1878.
Od roku 1854 byla jednotřídní hlavatecká škola rozšířena o jednu třídu. To znamená, že bylo zapotřebí dvou vyučujících.
Roku 1870 přejal stát správu školství z rukou církve. O rok později bylo zákonem nařízeno, aby děti navštěvovali školu do čtrnácti let (do té doby stačilo školu navštěvovat školu do dvanácti let).
V roce 1926 získal místo řídícího učitele v Hlavatcích František Cícha, díky němuž se nám dochovala velmi vzácná a pečlivě sepsaná Monografie Hlavatec z roku 1929.
V létě roku 1937 prošly budovy školy a fary celkovou rekonstrukcí.Touto rekonstrukcí završil své jedenáctileté působení v Hlavatcích František Cícha. Jeho nástupcem se stal řídící učitel František Čepička. Do školy v té době chodilo 129 žáků a vyučovali zde 4 vyučující.
Do roku 2004 měla škola Hlavatce 5 tříd. Od 5. do 9. třídy, celkem školu navštěvovalo 62 žáků. Počet učitelů 6, 1 družinářka, 1 účetní, 1 uklízečka.
V důsledku malého počtu žáků došlo v roce 2004 ke zrušení základní školy. Žáci našich obcí dojížděli do okolních základních škol (Sudoměřice u Bechyně, Želeč, Planá nad Lužnicí, Tábor, Soběslav, Sezimovo Ústí. Zařízení školy bylo postupně nabízeno ostatním školám, aby dále sloužilo žákům.
Budova školy byla poté opuštěná, nevyužitá.
Hřbitov
Původně byl hřbitov kolem kostela, ale z důvodu malého pozemku byl vytýčen jiný pozemek, který byl rozšířen v 60. letech do dnešní podoby. Na hlavatecký hřbitov pochovávají obce náležející do farnosti hlavatecké. Jedná se o Komárov, Želeč, Bezděčín, Radimov, Svinky, samozřejmě Hlavatce a Vyhnanice. Na hřbitově je již mnoho hrobů opuštěných. Údržbu hřbitova zajišťuje obec pomocí služeb, což je dosti nákladné, ale udržovat pořádek je na těchoto místech nutné.
Smuteční síň
Dnes prozatím neplní svůj účel, poslední rozloučení se zemřelými je z kostela. Prostory slouží jako skladové prostory pro obec. Smuteční síň je vystavěna vedle hřbitova.
